La Defensoría Penal Pública está conformada por cinco Departamentos: Administración y Finanzas; Estudios y Programas; Evaluación, Control y Reclamaciones; Informática y Estadísticas; Departamento de Gestión de Personas y Desarrollo Organizacional; y las Unidades de Comunicaciones y Prensa; de Corte; de Responsabilidad Juvenil; de Auditoría Interna; de Gestión de Defensa Licitada; de Control de Gestión, y de Asesoría Jurídica.

Departamento de Administración y Finanzas

Departamento de Estudios y Programas

Departamento de Evaluación, Control y Reclamaciones

Departamento de Informática y Estadísticas

Departamento de Gestión de Personas y Desarrollo Organizacional

Unidad de Comunicaciones y Prensa

Unidad de Corte

Unidad de Defensa Penal Juvenil y Defensas Especializadas

Unidad de Auditoría Interna

Unidad de Control de Gestión

Unidad de Asesoría Jurídica